中亚晚第四纪商山湖泊的演化受到复杂的气候波动釤响，主要由水汽的变化、湖盆冰川作用和径流与 流址的变化而引起的。冷干条件伴随右融水补给的减少和湖退；暖湿条件引起了冰川的后退，增加了融水补给，引起湖进。分布于不同海抜高度的天山和帕米尔竑原地区的湖泊，普遍处于较干旱的环境中，通过对湖盆地貌学、冰川和湖泊沉积物的分布和成份的研究、以及对湖泊沉积物的孢粉分析和埋藏植物碎屑的^l4C年代测定，可以里违晚贝新世以来益山湖泊的演化阶段和中亚高山区的古地理环堍。22000-17000a B.P.，天山查特尔库尔湖和帕米尔喀拉湖为外流淡水湖，面积超过目前的2-3倍。湖泊沉积物中孢粉以干草原植被为主，反映气候较暖湿。16000-11000a B.P.，冻川活动达到极盛，气候寒冷、干燥，湖泊干涸、消失。孢粉频率低，以旱生植物花粉为主。10000-8000a B.P.，温度、湿度提中湿植物和蒿属相对藜科增加，开始湖进。查特尔库尔湖水位较今高12m，面积超过现今3倍；8000—4000a B.P.，天山和东帕米尔的湖盆气侯相对暖湿。4000—3500a B.P.，气候变干，旱生植物花粉增加。3000a B.P.以来以气候干旱化为特征，植被以高山干草原和草原-荒漠为主。1500a B.P.以来气候更趋干早，干旱植物花粉增加，湖水位下降，一直持续至今。据历史和考古资料，公元14-16世纪天山气候暖干化，发生湖退；17—18世纪天山和帕米尔湿度增加，出现湖进。目前该地区湖水位普遍处于下降时期，仅若干冰融水补给湖泊有湖进的迹象。